Contamination des eaux souterraines et de surface
Le lessivage des engrais chimiques dans le sol peut entraîner la contamination des nappes phréatiques et des sources d'eau potable. Les nitrates et phosphates présents dans les engrais qui ne seraient pas absorbés par les végétaux vont se dissoudre dans l'eau et s'infiltrer dans les aquifères souterrains. Ces contaminants peuvent également atteindre les cours d'eau, les lacs et les océans lorsqu'ils sont emportés par les eaux de ruissellement.
Création de zones mortes marines et perturbation des écosystèmes aquatiques
Lorsque les nutriments issus des engrais, tels que l'azote et le phosphore, atteignent les milieux aquatiques, ils peuvent causer la prolifération des algues, conduisant ainsi à ce que l'on appelle des "efflorescences algales". Certaines de ces algues libèrent des toxines nocives pour les animaux et les humains qui entrent en contact avec l'eau. De plus, lorsqu'elles meurent et se décomposent, elles consomment une grande partie de l'oxygène dissous dans l'eau, provoquant des zones hypoxiques ou mortes où la faune marine ne peut pas survivre.